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Tema desarrollado a partir de las animaciones de:
The Virtual Bacterial ID Laboratory
De la Fundación Howard Hugues: http://www.hhmi.org/biointeractive/ 

Parte 3 - Purificando el producto de la  PCR 

El tubo de la reacción al final de la misma contiene muchas copias del gen del ADN correspondiente al ARNr 16s, cada una de unos de 1.500 pb (pares de base) de longitud. A este punto conviene realizar una corrida electroforética en un gel para confirmar que la PCR trabajó. El gel debe tener tres pistas, una para el control negativo, que no debe tener producto a menos que haya producido una contaminación; otra para el control positivo  (el producto de la PCR de una secuencia conocida de ADN) para asegurarse que el sistema funcionó, y por último la muestra.

Si se confirma que la reacción funcionó correctamente, se procede a purificar el producto de la PCR. Correr un gel, es actualmente un procedimiento de purificación, una vez que el producto se separó durante la corrida, se corta la banda correspondiente y se extrae el ADN. Se puede también usar una columna microconcentradora que filtra el ADN tal como se describe a continuación

1. Se Inserta la columna microconcentradora (1) del tamaña apropiado en un tubo colector.
2. Se agrega buffer ( 400 µl) y todo el contenido del tubo de la PCR a la columna (~100 µl).
3. Se centrifuga a 3,000 rpm en una microcentrífuga (2) de ángulo fijo por  15 minutos
4. El producto de la PCR queda atrapado en la columna, y el tubo colector recibe los primers, nucleótidos etc., que ya no se necesitan. El tubo colector se descarta.
   
5. La columna se invierte (3) sobre un nuevo tubo colector.
6. Se agrega 50 µl de buffer  a la columna invertida  y se centrifuga a 3,000 rpm en una microcentrífuga de ángulo fijo por 2 minutos par recolectar el ADN en el tubo colector, la columna se descarta.