Identificando la bacteria

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Tema desarrollado a partir de las animaciones de:
The Virtual Bacterial ID Laboratory
De la Fundación Howard Hugues: http://www.hhmi.org/biointeractive/

Identificando la bacteria

AACGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGA
GCGCACCTTTTAGAGTGAGCGGCAAACGGGTGAGTAAC
GCGTGGGAATCTACCCATCTCTACGGAATAACACAGAG
AAATTTGTGCTAATACCGTATACGTCCTATTTGGAGAA
AGATTTATCGGAGATGGATGAGCCCGCGTTGGATTAGC
TAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATCCA
TAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTG
AGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGG
AATATTGGACAATGGGNGCAACCCTGATCCAGCCATGC
CGCGTGAGTGATGAAGGCCCTAGGGTTGTAAAGCTCTT
TCACCGGTGAAGATAATGACGGTAACCGGAGAAGAAGC
CCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAA
GGGGGCTAGCGTTGTTCGGATTTACTGGGCGTAAAGCG
CATGTAGGCGGATATTTAAGTCAGAGGTGAAATCCCAG
GNCTCAACCCTGGAACTGCCTTTGATACTGGGTATCTT
GAGTGTGGAAGAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGG
TAAAATTCGTAGATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAA
GGCGGCTCACTGGTCCATTACTGACGCTGAGGTGCGAA
AGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTC
CACGCCGTAAACGATGAATGTTAGCCGTCGGGCGGTTT
ACTGCTCGGTGGCGCAGCTAACGCGTTAAACATTCCGC
CTGGGGAGTACGGSSGCAAGATTAAAACTCAAAGGAAT
TGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTA
ATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACA
TCCCGATCGCGGAAGGTGGAGACACCCTCCTTCAGTTA
GGCTGGATCGGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAG
CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAG
CGCAACCCTCGCCCTTAGTTGCCAGCATTTGGTTGGGC
ACTCTAGGGGGACTGCCGGTGATAAGCCGAGAGGAAGG
TGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTACGGGCTG
GGCTACACACGTGCTACAATGGTGGTGACAGTGGGCAG
CGAAGTCGCGAGGTCGAGCTAATCTCCAAAAGCCATCT
CAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTCGAGTGCATGAAGT
CGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGCATGCCACGGTG
AATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACAC
CATGGGAGTTGGTTTTACCCGAAGGTGCTGTGCTAACC
GCAAGGGGGCAGGCAACCACGGTAGGGCCAGCGACTGG
GGTG

Una vez que se tiene la secuencia se utiliza las bases de datos disponibles en Internet para la identificación de la bacteria.

En este caso utilizamos la base BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) del NIH ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast ). Se siguen las indicaciones de la misma y del resultado de la búsqueda en la base de datos se obtiene los grados de coincidencia (en orden decreciente) entre los datos enviados y los registros de la base de datos ( Ver abajo).

BLASTN 2.2.6 [Apr-09-2003]

RID: 1066484797-19283-274381.BLASTQ3
Query= (1410 letters)

Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS, GSS, or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences) 1,933,302 sequences; 9,292,788,094 total letters Taxonomy reports
Distribution of 105 Blast Hits on the Query Sequence

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

gi|39295|emb|Z11684.1|BA16SRRNG  R.henselae 16S rRNA gene        2778   0.0  
gi|2828303|emb|AJ223779.1|BHAJ3779  Bartonella henselae 16S ...  2728   0.0  
gi|2828302|emb|AJ223778.1|BHAJ3778  Bartonella henselae 16S ...  2728   0.0  
gi|6626180|gb|AF214556.1|AF214556  Bartonella henselae 16S r...  2728   0.0  
gi|2828304|emb|AJ223780.1|BHAJ3780  Bartonella henselae 16S ...  2697   0.0  
gi|4678987|gb|AF076237.1|AF076237  Bartonella koehlerae 16S ...  2665   0.0  
gi|175867|gb|M73229.1|ROCRR16SB  Rochalimaea henselae 16S ri...  2665   0.0  
// siguen datos....

Para este caso la correspondencia se da para Bartonella henselae o Rochalimaea henselae (esta última es un nombre antiguo para esta especie). Las especies de Bartonella tienen requerimientos especiales para su crecimiento y en los medios de cultivo tradicionales no crecen vigorosamente.